Nelja nukleiinhappe amplifikatsiooni testi läbiviimine SARS-CoV-2 tuvastamiseks Etioopias

Täname, et külastasite veebisaiti Nature.com. Kasutate piiratud CSS-i toega brauseri versiooni. Parima kasutuskogemuse saamiseks soovitame kasutada uuendatud brauserit (või keelata Internet Exploreris ühilduvusrežiim). Lisaks näitame pideva toe tagamiseks saiti ilma stiilide ja JavaScriptita.
Kuvab korraga kolmest slaidist koosneva karusselli. Korraga kolme slaidi vahel liikumiseks kasutage nuppe Eelmine ja Järgmine või kolme slaidi vahel liikumiseks kasutage lõpus olevaid liuguri nuppe.
Alates 2019. aasta koroonaviiruse haiguse (COVID-19) puhangust on kogu maailmas välja töötatud palju kaubanduslikke nukleiinhapete amplifikatsiooniteste (NAAT) ja neist on saanud standardsed testid. Kuigi mitmed testid töötati kiiresti välja ja rakendati laboratoorsetes diagnostilistes testides, ei ole nende testide toimivust erinevates seadetes hinnatud. Seetõttu oli selle uuringu eesmärk hinnata Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene'i, BGI ja Sansure Biotechi analüüside toimivust, kasutades komposiitviitestandardit (CRS). Uuring viidi läbi Etioopia Rahvatervise Instituudis (EPHI) 1.–30. detsembrini 2020. QIAamp RNA minikomplekti ja Abbotti DNA proovide ettevalmistamise süsteemi abil ekstraheeriti 164 ninaneelu proovi. 164 isendist olid 59,1% positiivsed ja 40,9% negatiivsed. Sansure Biotechi positiivsus oli võrreldes CRS-iga oluliselt madal (p < 0,05). Sansure Biotechi positiivsus oli võrreldes CRS-iga oluliselt madal (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotechi positiivsed tulemused olid oluliselt madalamad võrreldes CRS-iga (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotechil oli võrreldes CRS-iga oluliselt vähem positiivseid tulemusi (p < 0,05).Nelja analüüsi üldine kokkulangevus oli 96,3–100% võrreldes CRS-iga. Lisaks Sansure Biotechi testi madalale positiivsuse määrale oli nelja testi jõudlus peaaegu võrreldav. Sellisena vajab Sansure Biotech [ainult teadusuuringute (RUO)] test Etioopias kasutamiseks täiendavat valideerimist. Lõpuks tuleks kaaluda täiendavaid uuringuid, et hinnata teste vastavalt tootja väidetele.
Laboratoorsed testid on osa Maailma Terviseorganisatsiooni (WHO) 2019. aasta koronaviirushaiguse (COVID-19) valmisoleku ja reageerimise (SPRP) strateegilisest plaanist. WHO soovitab, et riigid peavad suurendama laborite suutlikkust, et parandada valmisolekut, asjakohast juhtumite haldamist, valvsust ja kiiret reageerimist rahvatervise väljakutsetele. See viitab sellele, et labori roll on haiguse ja esilekerkivate nakkusetekitajate epidemioloogia iseloomustamisel ning nende leviku kontrolli all hoidmisel võtmetähtsusega.
COVID-19 diagnoosimiseks on vaja epidemioloogilist ja meditsiinilist teavet, isiklikke sümptomeid/tunnuseid ning radiograafilisi ja laboratoorseid andmeid2. Pärast seda, kui Hiinas Wuhanis teatati COVID-19 puhangust, on kogu maailmas välja töötatud palju kaubanduslikke nukleiinhappe amplifikatsiooniteste (NAAT). Reaalajas pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsiooni (rRT-PCR) on kasutatud tavapärase ja standardmeetodina raske ägeda respiratoorse sündroomi 2 (SARS-CoV-2)3 nakkuse laboratoorseks diagnoosimiseks. SARS-CoV-2 molekulaarne tuvastamine põhineb tavaliselt ORF1a/b (avatud lugemisraam 1a/b) geenidel N (nukleokapsiidivalgu geen), E (ümbrisevalgu geen) ja RdRp (RNA-sõltuv RNA polümeraasi geen) . geeni) piirkond, mis on tuvastatud viiruse genoomist. Neid peetakse peamisteks konserveerunud piirkondadeks, mida viiruse genoomis leidub viiruse äratundmiseks4. Nendest geenidest on RdRp ja E geenidel kõrge analüütiline tuvastamise tundlikkus, samas kui N geenil on madal analüütiline tundlikkus5.
PCR-analüüside jõudlus võib varieeruda sõltuvalt erinevatest teguritest, nagu ekstraheerimisreaktiivid, amplifikatsiooni-/tuvastusreaktiivid, ekstraheerimismeetod, PCR-seadme kvaliteet ja muud instrumendid. 2020. aasta aprilli seisuga on enam kui 48 erinevat diagnostikaseadet üheksast riigist saanud COVID-196 diagnostika jaoks hädaolukorra kasutamise loa (EUA). Etioopias kasutatakse SARS-CoV-2 PCR-i tuvastamiseks enam kui 14 reaalajas PCR-platvormi 26 tervishoiuasutuses, sealhulgas ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ja Quant-studio7. Lisaks on saadaval erinevad PCR-testikomplektid, nagu Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test ja SARS-CoV-2 BGI test. Kuigi rRT-PCR on väga tundlik, teatavad mõned COVID-19 patsiendid valenegatiivsetest tulemustest, kuna proovides on ebapiisavalt viiruse ribonukleiinhappe (RNA) koopiaid ebaõige kogumise, transportimise, ladustamise ja käsitsemise ning laboratoorsete analüüside tõttu. personali tingimused ja tegevus8. Lisaks võivad proovi või kontrolli väärkäitlus, tsükliläve (Ct) seadmine ja ristreaktiivsus teiste patogeensete nukleiinhapete või inaktiivse/jääk-SARS-CoV-2 RNA-ga viia rRT-PCR9 testides valepositiivsete tulemusteni. Seega on selge, et PCR-testidega saab tõepoolest tuvastada geenifragmentide kandjaid, kuna need ei suuda isegi tõeliselt aktiivseid viirusgeene eristada, seega saab testidega tuvastada ainult kandjaid, mitte patsiente10. Seetõttu on oluline hinnata diagnostilist jõudlust meie keskkonnas standardmeetodite abil. Kuigi Etioopia Rahvatervise Instituudis (EPHI) ja kogu riigis on saadaval palju NAAT-reaktiive, pole nende tõhususe võrdlevat hindamist veel teatatud. Seetõttu oli selle uuringu eesmärk hinnata müügilolevate komplektide võrdlevat jõudlust SARS-CoV-2 tuvastamiseks rRT-PCR abil, kasutades kliinilisi proove.
Sellesse uuringusse kaasati kokku 164 COVID-19 kahtlusega osalejat. Enamik proove pärinesid ravikeskustest (118/164 = 72%), ülejäänud 46 (28%) osalejat olid aga mitteravikeskustest. Keskuses ravimata osalejate hulgas oli 15 (9, 1%) kliiniliselt kahtlustatavat haigusjuhtu ja 31 (18, 9%) kinnitatud juhtude kontaktid. Üheksakümmend kolm (56,7%) osalejat olid mehed ja osalejate keskmine (± SD) vanus oli 31,10 (± 11,82) aastat.
Selles uuringus määrati COVID-19 nelja testi positiivsed ja negatiivsed määrad. Seega olid Abbotti SARS-CoV-2 testi, Daan Gene 2019-nCoV testi, SARS-CoV-2 BGI testi ja Sansure Biotech 2019-nCoV testi positiivsed määrad vastavalt 59,1%, 58,5%, 57,9% ja 55,5%. . Kombineeritud võrdlusstandardi (CRS) positiivsed ja negatiivsed skoorid olid vastavalt 97 (59,1%) ja 67 (40,9%) (tabel 1). Selles uuringus põhines CRS-i määratlus "mis tahes positiivse" reeglil, mille kohaselt neljast testitulemusest loeti kaks või enam testitulemust, mis andsid sama tulemuse, tõeliselt positiivseks või negatiivseks.
Selles uuringus leidsime kõigi analüüside puhul võrreldes CRS-iga negatiivse protsendi kokkuleppe (NPA) 100% (95% CI 94,6–100). Sansure Biotechnology analüüs näitas, et minimaalne PPA on 93,8% (95% CI 87,2–97,1) ja Daan Gene 2019-nCoV analüüs oli 99,4% (95% CI 96,6–99,9). Seevastu üldine kokkulepe SARS-CoV-2 BGI testi ja Sansure Biotech 2019-nCoV testi vahel oli vastavalt 98,8% ja 96,3% (tabel 2).
Coheni kappa koefitsient CRS-i ja Abbott SARS-CoV-2 testi tulemuste vahel oli täielikult kooskõlas (K = 1,00). Samamoodi on Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ja Sansure Biotech 2019-nCoV poolt tuvastatud Coheni kappa väärtused samuti täielikult kooskõlas CRS-iga (K ≥ 0,925). Selles võrdlevas analüüsis näitas hii-ruut test (McNemari test), et Sansure Biotech 2019-nCoV testi tulemused erinesid oluliselt CRS-i tulemustest (p = 0,031) (tabel 2).
Nagu on näidatud joonisel fig.1 oli Abbott SARS-CoV-2 testis (kombineeritud RdRp ja N geen) madalaima Ct väärtuse protsent (< 20 Ct) 87,6% ja ORF1a/b geeni Ct väärtus Sansure Biotech 2019-nCoV testis näitas, et madalaima Ct väärtuse protsent. Ct väärtus (< 20 Ct) oli 50,3% ja kõrge Ct väärtus (36–40 Ct) oli 3,2%. 1 oli Abbott SARS-CoV-2 testis (kombineeritud RdRp ja N geen) madalaima Ct väärtuse protsent (< 20 Ct) 87,6% ja ORF1a/b geeni Ct väärtus Sansure Biotech 2019-nCoV testis näitas, et madalaima Ct väärtuse protsent. Ct väärtus (< 20 Ct) oli 50,3% ja kõrge Ct väärtus (36–40 Ct) oli 3,2%.Nagu on näidatud joonisel fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, Ct енизнач ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокони6–40t составляло 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2 (kombineeritud geen RdRp ja N) analüüsi protsent madalaima Ct väärtuse (< 20 Ct) protsent oli 87,6% ja Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b geenianalüüsi Ct väärtus näitas. et madala Ct väärtuse osakaal (< 20 Ct) moodustas 50,3% ja kõrge väärtusega Ct (36–40 Ct) moodustas 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（百分比（<20 Ct.8，S. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Nagu on näidatud joonisel 1, on Abbott SARS-CoV-2 testi (RdRp ja N geeni kombinatsioon) madalaim Ct väärtuse protsent (< 20 Ct) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV testi ORF1a/b geeni Ct väärtus. näitab madalat Ct值(< 20 Ct) 的 protsent on 50,3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 protsent on 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное низкое процентное < 20знаt) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Nagu on näidatud joonisel 1, oli Abbotti SARS-CoV-2 testil (ühendab RdRp ja N geenid) madalaim protsent Ct väärtus (< 20 Ct) 87,6%, samas kui ORF1a/b geeni Ct väärtus Sansure'is. Biotech 2019 uuring – nCoV analüüs näitas madalat Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Väärtuste (< 20 Ct) protsent oli 50,3% ja kõrgete Ct väärtuste (36–40 Ct) protsent 3,2%.Abbotti SARS-CoV-2 B test registreeris Ct väärtused üle 30. Teisest küljest oli BGI SARS-CoV-2 testis ORF1a/b geenil kõrge Ct väärtus (> 36 Ct) 4% (joonis 1). Teisest küljest oli BGI SARS-CoV-2 testis ORF1a/b geenil kõrge Ct väärtus (> 36 Ct) 4% (joonis 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составрис.41% (). Teisest küljest oli BGI SARS-CoV-2 analüüsis geenil ORF1a/b kõrge Ct väärtus (> 36 Ct), mille protsent oli 4% (joonis 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为 Teisest küljest on BGI SARS-CoV-2 tuvastamisel kõrge Ct väärtusega (>36 Ct) ORF1a/b geeni protsent 4% (joonis 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Teisest küljest oli BGI SARS-CoV-2 analüüsis kõrge Ct väärtusega (>36 Ct) ORF1a/b geenide protsent 4% (joonis 1).
Selles uuringus võtsime 164 ninaneelu proovi. Igat tüüpi analüüside puhul viidi RNA eraldamine ja amplifikatsioon läbi vastavate tootjate soovitatud meetodite ja komplektide abil.
See uuring näitas, et Abbotti SARS-CoV-2 testil on sama tuvastusvõime kui CRS-il, 100% positiivne, negatiivne ja üldine vastavus. Coheni kappaleping on 1.00, mis näitab täielikku kokkulepet CRS-iga. USA Washingtoni ülikoolis läbi viidud sarnane uuring näitas, et Abbotti SARS-CoV-2 testi üldine tundlikkus ja spetsiifilisus oli vastavalt 93% ja 100%, võrreldes CDC laboratoorselt määratud analüüsiga (LDA). . 11. Abbott SARS-CoV-2 tuvastussüsteem põhineb N- ja RdRp geenide samaaegsel kombineeritud tuvastamisel, kuna mõlemad geenid on tundlikumad, minimeerides valenegatiivseid tulemusi12. Austrias Viinis läbi viidud uuring näitas ka, et suured ekstraheerimisproovi ja tuvastuseluendi mahud vähendasid lahjendusefekte ja suurendasid tuvastamise tõhusust13. Seega saab Abbotti täiusliku sobivuse SARS-CoV-2 testi jaoks seostada platvormi tuvastamise süsteemiga, mis tuvastab samaaegselt kombinatoorsed geenid, ekstraheerib suure hulga proove (0,5 ml) ja kasutab suures koguses eluenti (40 µl).
Meie tulemused näitasid ka, et Daani geneetilise testi tuvastamise jõudlus oli peaaegu sama kui CRS-i oma. See on kooskõlas Hiinas Huainanis asuvas Anhui ülikoolis läbi viidud uuringuga14 ja tootja väitega 100% positiivse nõusoleku kohta. Hoolimata teadetest järjekindlate tulemuste kohta, oli üks proov pärast sama eluaadi uuesti testimist valenegatiivne, kuid Abbott SARS-CoV-2 ja Sansure Biotech nCoV-2019 testides oli see positiivne. See viitab sellele, et eri tüüpi analüüside tulemused võivad varieeruda. Sellegipoolest oli Hiinas läbi viidud uuringus15 Daani geeni testi tulemus oluliselt erinev (p < 0,05) võrreldes nende laboris määratletud võrdlustestiga. Sellegipoolest oli Hiinas läbi viidud uuringus15 Daani geeni testi tulemus oluliselt erinev (p < 0,05) võrreldes nende laboris määratletud võrdlustestiga. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05 отличался) эталонного анализа. Kuid Hiinas tehtud uuringus15 erines Daan Gene'i analüüsitulemus oluliselt (p < 0,05) nende laboratoorsest võrdlusanalüüsist.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (05p) его эталонным labboраторным тестом. Hiinas läbiviidud uuringus15 olid Daani geneetilise testi tulemused aga oluliselt erinevad (p < 0,05) võrreldes selle võrdluslabori testiga.See lahknevus võib olla tingitud võrdlustesti tundlikkusest SARS-CoV-2 tuvastamiseks ja põhjuse väljaselgitamiseks võivad olla olulised edasised uuringud.
Lisaks hinnati meie uuringus SARS-CoV-2 BGI testi võrdlevat tulemuslikkust CRS-iga, näidates suurepärast positiivset protsentuaalset kokkuleppimist (PPA = 97,9%), negatiivset protsentuaalset kokkulepet (NPA = 100%) ja üldist protsentuaalset kokkulepet soo järgi ( OPA). ). = 98,8%). Coheni Kappa väärtused näitasid head ühtlust (K = 0,975). Uuringud Hollandis16 ja Hiinas15 on näidanud ühtseid tulemusi. SARS-CoV-2 BGI test on ühe geeni (ORF1a/b) tuvastamise test, milles kasutatakse 10 µl amplifikatsiooni/tuvastuseluaati. Vaatamata heale statistilisele vastavusele meie võrdlustulemustega, jäi analüüsist puudu kaks positiivset proovi (1,22%) koguproovist. Sellel võib olla tohutu kliiniline mõju ülekande dünaamikale nii patsiendi kui ka kogukonna tasandil.
Teine selles uuringus sisalduv võrdlev analüüs oli Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) test; üldine mänguprotsent oli 96,3%. Kokkuleppe tugevuse määras ka Coheni Kappa väärtus, mis oli 0,925, mis näitab täielikku nõustumist CRS-iga. Jällegi on meie tulemused identsed Hiinas Changshas asuvas Central South ülikoolis ja Hiinas Liuzhou linnas Liuzhou rahvahaigla kliinilise labori osakonnas läbi viidud uuringutega17. Kuigi ülaltoodud hea statistiline kooskõla registreeriti, näitas hii-ruut test (MacNemari test), et Sansure Biotechi testi tulemusel on olnud statistiliselt oluline erinevus võrreldes CRS-iga (p < 0,005). Kuigi ülaltoodud hea statistiline kooskõla registreeriti, näitas hii-ruut test (MacNemari test), et Sansure Biotechi testi tulemusel on olnud statistiliselt oluline erinevus võrreldes CRS-iga (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p5. Kuigi ülaltoodud hea statistiline kokkulepe registreeriti, näitas hii-ruut test (McNemari test), et Sansure Biotechi testi tulemusel oli statistiliselt oluline erinevus võrreldes CRS-iga (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RSSansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， 测测拌 ， bio与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。））））。。。＀ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемаза) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ja CRS. Vaatamata ülaltoodud heale statistilisele kokkuleppele näitas hii-ruut test (McNemari test) statistiliselt olulist erinevust (p < 0,005) Sansure Biotechi testi ja CRS-i vahel.Kuus proovi (3,66%) osutusid valenegatiivseteks võrreldes CRS-iga (täiendav tabel 1); see on väga oluline, eriti arvestades viiruse edasikandumise dünaamikat. Ülaltoodud andmed toetavad ka seda madalat tuvastamissagedust15.
Selles uuringus määrati Ct väärtused iga testi ja vastava platvormi jaoks, kusjuures Abbott SARS-CoV-2 testis teatati madalaima keskmise Ct väärtusega. See tulemus võib olla seotud Abbotti samaaegse kombineeritud geneetilise testimise süsteemiga SARS-CoV-2 tuvastamiseks. Seetõttu olid joonise 1 kohaselt 87,6% Abbott SARS-CoV-2 tulemustest Ct väärtused alla 20. Vaid vähesed proovitulemused (12,4%) olid vahemikus 20-30. Ct väärtusi üle 30 ei registreeritud. Lisaks sellele, et Abbot kasutab SARS-CoV-2 paneeli geneetilise testimise vormingut, võib see tulemus olla seotud alumise avastamispiiriga (32,5 RNA koopiat/ml)18, mis on kolm korda madalam kui ettevõtte alumine piir 100 RNA koopiat. /mL. ml)19.
Sellel uuringul on mõned piirangud: esiteks ei ole meil ressursside puudumise tõttu standard-/referentsmeetodeid [nagu viiruskoormus või muud laboratoorsed testid (LDA)]. Teiseks olid kõik selles uuringus kasutatud proovid ninaneelu tampooniproovid, samas kui tulemused ei kehtinud muude proovitüüpide puhul, ja kolmandaks oli meie valimi suurus väike.
Selles uuringus võrreldi nelja SARS-CoV-2 rRT-PCR testi toimivust, kasutades ninaneelu proove. Kõik tuvastusanalüüsid olid peaaegu võrreldavad, välja arvatud Sansure Biotechi test. Lisaks tuvastati Sansure Biotechi testis CRS-iga võrreldes madal positiivsuse määr (p < 0,05). Lisaks tuvastati Sansure Biotechi testis CRS-iga võrreldes madal positiivsuse määr (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Lisaks näitas Sansure Biotechi test CRS-iga võrreldes madalat positiivsete tulemuste protsenti (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Lisaks oli Sansure Biotechi testil madalam positiivsuse määr võrreldes CRS-iga (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA ja üldise kokkuleppe analüüs ületas 93,5% Cohen Kappa lepingu väärtusega 0,925. Lõpuks vajab Sansure Biotech Assay (RUO) Etioopias kasutamiseks täiendavat valideerimist ja üksikute tootjate väidete hindamiseks tuleks kaaluda täiendavaid uuringuid.
Võrdlev uuring viidi läbi neljas tervishoiuasutuses Addis Abebas, Eka Kotebe haiglas, Millenniumi kiriku ravikeskuses, Zewooditu memoriaalhaiglas ja Püha Peetruse tuberkuloosi erihaiglas. Andmed koguti ajavahemikus 1.–31. detsember 2020. Selle uuringu meditsiiniasutused valiti sihikindlalt, lähtudes nende suurest juhtumite arvust ja linna suuremate ravikeskuste olemasolust. Sarnaselt valiti instrumendid, sealhulgas ABI 7500 ja Abbott m2000 reaalajas PCR-instrumendid, vastavalt NAAT-i reaktiivide tootjate soovitustele ning selle uuringu jaoks valiti neli PCR-i tuvastamise komplekti, kuna enamik Etioopia laboreid kasutas vähemalt vähemalt neist neli. Uuringu käigus tehtud geenitest, Abbotti SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test ja SARS-CoV-2 BGI test).
SARS-CoV-2 testimine viidi läbi 1. kuni 30. detsembrini 2020, kasutades 3 ml viiruse transpordikeskkonda (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Hiina) isikutelt, kelle suhtes uuriti COVID-19, millele viidati EPHI-le. Ninaneelu proovid kogusid koolitatud proovikogujad ja saadeti EPHI-sse kolmekordsetes pakendites. Enne nukleiinhappe eraldamist omistatakse igale proovile kordumatu identifitseerimisnumber. Igast proovist ekstraheeritakse kohe pärast saabumist, kasutades käsitsi ja automaatseid ekstraheerimismeetodeid. Seega ekstraheeriti Abbott m2000 automaatseks ekstraheerimiseks igast proovist 1,3 ml (sealhulgas 0,8 ml surnud ruumala ja 0,5 ml ekstraheerimise sisselaskeava maht) proovi ja juhiti läbi Abbott DNA proovide ettevalmistamise süsteemi (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Reaalajas kahe SARS-CoV-2 (EUA) vooru üldprotsessi (otsing ja tuvastamine) kaasati 96-st proovist koosnev partii [92 proovi, kaks tuvastuskontrolli ja kaks mittemallilist kontrolli (NTC)]. kaevandamine. Samamoodi kasutage käsitsi ekstraheerimiseks samu proove (automaatseks ekstraheerimiseks ja tuvastamiseks). Seega jaotati kogu protsessi vältel 140 µl proovid alikvootidele ja ekstraheeriti, kasutades QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Saksamaa) 24 partiidena (sealhulgas 20 proovi, kaks testi kontrolli ja kaks NTC-d) üheksa vooru jooksul. Käsitsi ekstraheeritud eluaadid amplifitseeriti ja tuvastati termotsükleri ABI 7500 abil, kasutades SARS-CoV-2 BGI testi, Daan Gene analüüsi ja Sansure Biotechi testi.
SARS-CoV-2 viiruse RNA automaatne eraldamine ja puhastamine järgib magnethelmeste põhimõtet, kasutades Abbotti DNA proovide ettevalmistamise reagente. Proovide inaktiveerimiseks ja viiruseosakeste solubiliseerimiseks kasutatakse valgu denatureerimiseks ja RNaasi inaktiveerimiseks guanidiini isotiotsüanaati sisaldavat detergenti. Seejärel eraldatakse RNA valgust tahke faasi eraldamisega ränidioksiidi abil, st guanidiiniumsool ja lüüsipuhvri aluseline pH soodustavad nukleiinhapete seondumist ränidioksiidiga (SiO2). Loputamisetapis eemaldatakse ülejäänud valgud ja praht, et saada selge lahus. Läbipaistev RNA eraldatakse ränidioksiidipõhistest mikroosakestest, kasutades instrumendi magnetvälja20,21. Teisest küljest toimub RNA käsitsi eraldamine ja puhastamine spin-kolonni meetodil, kasutades magnetaluse asemel tsentrifuugimist ja mikroosakeste eraldamist eluendist.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 tuvastamise test (Abbott Molecular, Inc.) viidi läbi vastavalt tootja juhistele, mis said WHO-lt ja FDA-lt EUA19,22. Selles protokollis viidi proovi inaktiveerimine enne ekstraheerimist läbi veevannis temperatuuril 56 °C 30 minutit. Pärast viiruse inaktiveerimist viidi nukleiinhappe ekstraheerimine läbi Abbott m2000 SP instrumendiga 0, 5 ml VTM-st, kasutades Abbott m2000 DNA proovide ettevalmistamise süsteemi. vastavalt tootjale. Amplifitseerimine ja tuvastamine viidi läbi, kasutades Abbott m2000 RT-PCR seadet ning RdRp ja N geenide jaoks viidi läbi topelttuvastus. ROX) ja VIC P (patenditud värvaine) sisekontrollide sihtimiseks ja tuvastamiseks, võimaldades mõlema võimendusprodukti samaaegset tuvastamist 19 .
Selle komplekti amplifikatsiooni tuvastamise meetod põhineb üheastmelisel RT-PCR tehnoloogial. Geenid ORF1a/b ja N valiti konserveerunud piirkondadena Daan Gene Technology abil, et tuvastada sihtpiirkonna amplifikatsiooni. SARS-CoV-2 RNA tuvastamiseks proovides on välja töötatud spetsiifilised praimerid ja fluorestseeruvad sondid (FAM-iga märgistatud N-geeni sondid, VIC-ga märgistatud ORF1a/b-sondid). Lõplik eluent ja põhisegud valmistati, lisades 5 µl eluenti 20 µl põhisegule lõppmahuni 25 µl. Amplifitseerimine ja tuvastamine viidi läbi samaaegselt ABI 750024 reaalajas PCR-seadmega.
Geenid ORF1a/b ja N tuvastati Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorestsents-PCR tuvastamine) abil. Valmistage iga sihtgeeni jaoks ette spetsiifilised sondid, valides ORF1a/b piirkonna jaoks FAM-kanali ja N-geeni jaoks ROX-kanali. Sellele testikomplektile lisatakse eluent ja põhisegu reaktiivid järgmiselt: valmistage tuvastamiseks/amplifitseerimiseks ette 30 µl põhisegu reaktiivi ja 20 µl elueeritud proovi. Amplifikatsiooniks/tuvastamiseks kasutati reaalajas PCR ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI test on fluorestseeruv reaalajas rRT-PCR komplekt COVID-19 diagnoosimiseks. Sihtpiirkond asub SARS-CoV-2 genoomi ORF1a/b piirkonnas, mis on ühe geeni tuvastamise meetod. Lisaks on inimese majapidamisgeen β-aktiin sisemiselt reguleeritud sihtgeen. Põhisegu valmistatakse 20 µl põhisegu reaktiivi ja 10 µl ekstraheeritud RNA proovi segamisel süvendiplaadil26. Amplifikatsiooniks ja tuvastamiseks kasutati ABI 7500 fluorestseeruvat kvantitatiivset reaalajas PCR seadet. Kõik nukleiinhapete amplifikatsioonid, PCR käitamise tingimused iga testi jaoks ja tulemuste tõlgendamine viidi läbi vastavalt tootja juhistele (tabel 3).
Selles võrdlevas analüüsis ei kasutanud me võrdlusstandardi meetodit, et määrata nelja analüüsi puhul protsentuaalne kokkuleppe (positiivne, negatiivne ja üldine) ja muud võrdlusparameetrid. Iga testi võrdlus tehti CRS-iga, selles uuringus määrati CRS reegliga "iga positiivne" ja tulemus määrati, mitte ühe testiga, kasutasime vähemalt kahte sobivat testi tulemust. Lisaks on COVID-19 leviku korral valenegatiivsed tulemused ohtlikumad kui valenegatiivsed tulemused. Seega, et CRS-i tulemuse põhjal võimalikult täpselt öelda "positiivne", peavad vähemalt kaks testi testi olema positiivsed, mis tähendab, et vähemalt üks positiivne tulemus pärineb tõenäoliselt EUA-testist. Seega loetakse neljast testitulemusest kaks või enam sama tulemuse andvat testi tulemust tõeliselt positiivseks või negatiivseks18,27.
Andmete kogumisel kasutati struktureeritud andmeväljavõtte vorme, andmete sisestamiseks ja analüüsimiseks kasutati Exceli statistikatarkvara ja kirjeldava statistika jaoks SPSS versiooni 23.0. Analüüsiti positiivset, negatiivset ja üldist protsentuaalset vastavust ning iga meetodi CRS-iga ühilduvuse määra määramiseks kasutati Kappa skoori. Kapa väärtusi tõlgendatakse järgmiselt: 0,01–0,20 kerge kokkuleppe korral, 0,21–0,40 üldise kokkuleppe korral, 0,41–0,60 mõõduka kokkuleppe korral, 0,61–0,80 suure kokkuleppe korral ja 0,81–0,99 täieliku kokkuleppe korral28.
Eetiline luba saadi Addis Abeba ülikoolist ja kõik selle uuringu katseprotokollid kiitis heaks Etioopia Rahvatervise Instituudi teaduseetika ülevaatusnõukogu. EPHI eetikalitsentsi viitenumber on EPHI/IRB-279-2020. Kõiki meetodeid rakendati kooskõlas Etioopia riiklike kõikehõlmavate COVID-19 ravisuuniste soovituste ja sätetega. Lisaks saadi enne uuringus osalemist kõigilt uuringus osalejatelt kirjalik teadlik nõusolek.
Kõik selles uuringus saadud või analüüsitud andmed sisalduvad selles avaldatud artiklis. Selle uuringu tulemusi toetavad andmed on mõistliku nõudmise korral kättesaadavad vastavalt autorilt.
Maailma Terviseorganisatsioon. Soovitused COVID-19 laboratoorsete testimise strateegiate kohta: ajutised juhised, 21. märts 2020, nr WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 nutikas diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: kõik praktikas. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 nutikas diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: kõik praktikas.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ja Gurgulianis, KI COVID-19 intelligentne diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: kõik praktikas.Muliou DS, Pantazopoulos I. ja Gurgulyanis KI COVID-19 arukas diagnoosimine erakorralise meditsiini osakondades: täielik integreerimine praktikas. Ekspert Reverend Respire. ravim. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL ja St George, K. COVID19 ID NOW EUA testi hindamine. Mitchell, SL ja St George, K. COVID19 ID NOW EUA testi hindamine.Mitchell, SL ja St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testi hindamine.Mitchell SL ja St. George K. COVID19 ID NOW EUA testi hindamine. J. Clinical. Viirus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Koronaviirushaiguse 2019 (COVID-19) laboratoorne avastamine kahtlustatava inimese haiguse korral. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (vaadatud 15. augustil 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 diagnoos: haigused ja testimisvahendid. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ida-, Kesk- ja Lõuna-Aafrika patoloogide kolledži – Lähis-Ida ja Lõuna-Aafrika piirkondliku patoloogiakooli – asutamine. Aafrika. J. Lab. ravim. 9(1), 1–8 (2020).
Etioopia rahvatervise instituut, föderaalne tervishoiuministeerium. Riiklik ajutine strateegia ja juhend COVID-19 laboratoorseks diagnoosimiseks. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (kasutatud 12. augustil 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infektsiooni väljakutsete ja tagajärgede valenegatiivsed testid. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infektsiooni väljakutsete ja tagajärgede valenegatiivsed testid.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim AS SARS-CoV-2 infektsioonide ja nende tagajärgede valenegatiivsed testid.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim AS Valenegatiivsed testid provokatsiooni ja SARS-CoV-2 nakkuse mõju kohta. N. eng. J. Meditsiin. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Valepositiivsed ja valenegatiivsed COVID-19 juhtumid: hingamisteede ennetamise ja ravi strateegiad, vaktsineerimine ja edasised väljavaated. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Valepositiivsed ja valenegatiivsed COVID-19 juhtumid: hingamisteede ennetamise ja ravi strateegiad, vaktsineerimine ja edasised väljavaated. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные ja ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стра вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Valepositiivsed ja valenegatiivsed COVID-19 juhtumid: hingamisteede ennetus- ja ravistrateegiad, vaktsineerimine ja edasiminek.Muliu, DS ja Gurgulianis, KI Valepositiivsed ja valenegatiivsed COVID-19 juhtumid: hingamisteede ennetamise ja ravi strateegiad, vaktsineerimine ja edasiminek. Ekspert Reverend Respire. ravim. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: puu nägemine, kuid metsa kaotamine. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: puu nägemine, kuid metsa kaotamine.Mouliou, DS, Ioannis, P. ja Konstantinos, G. COVID-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: vaadake puud, kaotage mets.Muliou DS, Ioannis P. ja Konstantinos G. COVID-19 diagnoos kiirabis: puude jaoks pole piisavalt metsa. Ilmuma. ravim. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 analüüsi analüütilise ja kliinilise toimivuse valideerimine ja valideerimine. J. Clinical. Viirus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Võrrelge COVID-19 erineva genoomipiirkonna viit praimerite komplekti viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19 erinevatest genoomipiirkondadest pärit viie praimerite komplekti võrdlus viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ja Aflatunyan, B. COVID-19 genoomi erinevatest piirkondadest pärit viie praimerite komplekti võrdlus viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19 5 erineva geneetilise piirkonna võrdlus viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ja Aflatunyan B. COVID-19 genoomi erinevatest piirkondadest pärit viie praimerite komplekti võrdlus viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Iraan. J. Mikrobioloogia. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-CoV-2 genoomijärjestuste tuvastamise riikliku välise kvaliteedihindamise programmi esialgsed tulemused. J. Clinical. Viirus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Viie RT-PCR komplekti efektiivsuse analüütiline hindamine raske ägeda respiratoorse sündroomi koroonaviiruse korral 2. J. Clinical. laboris. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Seitsme Hiinas müügiloleva SARS-CoV-2 RNA tuvastamiskomplekti hindamine reaalajas polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) põhjal. kliiniline. Keemiline. laboris. ravim. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Seitsme kaubandusliku RT-PCR COVID-19 diagnostikakomplekti võrdlus. J. Clinical. Viirus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu jt. Kahe SARS-CoV-2 nukleiinhapete tuvastamise PCR-komplekti diagnostilise jõudluse võrdlus. J. Clinical. laboris. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR jne. Nelja SARS-CoV-2 nukleiinhappe amplifikatsiooni testimise (NAAT) platvormi võrdlev uuring näitas, et ID NOW jõudlus halvenes oluliselt sõltuvalt patsiendist ja proovi tüübist. diagnoos. mikrobioloogia. Nakata. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbotti molekul. Abbotti reaalajas SARS-CoV-2 analüüsi pakendi infoleht. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (10. augusti 2020 seisuga) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA eraldamine magnethelmeste abil kiireks suuremahuliseks tuvastamiseks RT-qPCR ja RT-LAMP abil. Virus 12 (8), 863 (2020).