Nelja nukleiinhappe võimendusanalüüsi jõudlus SARS-COV-2 tuvastamiseks Etioopias

Täname, et külastasite Nature.com. Kasutate brauseri versiooni, millel on piiratud CSS -tugi. Parima kogemuse saamiseks soovitame teil kasutada värskendatud brauserit (või keelata ühilduvusrežiim Internet Exploreris). Lisaks pideva toe tagamiseks näitame seda saiti ilma stiilide ja JavaScriptita.
Kuvab korraga kolme slaidi karusselli. Kolme slaidi korraga liikumiseks kasutage eelmist ja järgmist nuppu või kasutage lõpus liugurite nuppe, et liikuda läbi kolme slaidi korraga.
Alates 2019. aasta Coronaviiruse tõve (COVID-19) puhangust on kogu maailmas välja töötatud palju kommertslike nukleiinhapete võimendustestid (NAAT) ja neist on saanud standardsed testid. Ehkki laboratoorsete diagnostiliste testide jaoks töötati kiiresti välja mitu testi ja rakendati, ei ole nende testide jõudlust erinevates seadetes hinnatud. Seetõttu oli selle uuringu eesmärk hinnata Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI ja Sansure Biotehnoloogia testide jõudlust, kasutades liitreferentstandardit (CRS). Uuring viidi läbi Etioopia rahvatervise instituudis (EPHI) 1. - 30. Detsembrini 2020. 164 Nasofarüngeaalsed proovid ekstraheeriti QIAAMP RNA Mini komplekti ja Abbott DNA proovide valmistamise süsteemi abil. 164 isendist olid 59,1% positiivsed ja 40,9% CRS -i suhtes negatiivsed. Sansure biotehnoloogia positiivsus oli CR -dega võrreldes oluliselt madal (p <0,05). Sansure biotehnoloogia positiivsus oli CR -dega võrreldes oluliselt madal (p <0,05). Положителные резтаты sansure biotehnoloogia ыи значително ниже по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotechi positiivsed tulemused olid CRS -iga võrreldes oluliselt madalamad (p <0,05).与 CRS 相比 ， sansure biotehnoloogia 的阳性率显着较低 （p <0,05）。。与 CRS 相比 ， sansure biotehnoloogia 的阳性率显着较低 （p <0,05）。。 У Sansure Biotech ыо значително меное положителных резтатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotechil oli CR -dega võrreldes oluliselt vähem positiivseid tulemusi (p <0,05).Nelja analüüsi üldine kokkulepe oli CRS -iga võrreldes 96,3–100%. Lisaks Sansure biotehnoloogia testi madalale positiivsuste määrale oli nelja testi jõudlus peaaegu võrreldav. Sellisena nõuab Sansure Biotech [ainult uurimistöö (ainult RUO) test Etioopias kasutamiseks täiendavat valideerimist. Lõpuks tuleks kaaluda täiendavaid uuringuid testide hindamiseks koos tootja nõuetega.
Laboratoorsed testimine on osa Maailma Terviseorganisatsiooni (WHO) koronaviiruse haiguse 2019 (COVID-19) valmisoleku ja reageerimise (SPRP) strateegilisest plaanist. Kes soovitab, et riigid peavad üles ehitama laboratoorseid suutlikkust, et parandada valmisolekut, nõuetekohast juhtumikorraldust, valvsust ja kiiret reageerimist rahvatervise väljakutsetele. See viitab sellele, et labori roll on võtmeks tekkivate nakkuslike ainete haiguse ja epidemioloogia iseloomustamisel ning nende leviku kontrollimisel.
COVID-19 diagnoosimine nõuab epidemioloogilist ja meditsiinilist teavet, isiklikke sümptomeid/tunnuseid ning radiograafilisi ja laboratoorseid andmeid2. Kuna Hiinas Wuhanis teatati Wuhanis, on Covid-19 puhangust välja töötatud palju kommertshappe amplifikatsioonitestid (NAAT). Reaalajas pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsiooni (RRT-PCR) on kasutatud raske ägeda hingamisteede sündroomi (SARS-COV-2) 3 infektsiooni rutiinina ja standardmeetodina. SARS-COV-2 molekulaarne tuvastamine põhineb tavaliselt N (nukleokapsiidvalgu geen), E (ümbrise valgu geen) ja RDRP (RNA-sõltuva RNA polümeraasi geeni geeni) geenidel ORF1A/B (avatud lugemisraam 1A/B). geen) piirkond, mis on tuvastatud viiruse genoomist. Neid peetakse peamisteks konserveerunud piirkondadeks, mida leidub viiruse genoomides viiruse äratundmiseks4. Nende geenide hulgas on RDRP ja E geenidel kõrge analüütiline tuvastustundlikkus, samas kui N geenil on madal analüütiline tundlikkus5.
PCR -testide toimimine võib varieeruda sõltuvalt mitmesugustest teguritest, näiteks: ekstraheerimisreagendid, amplifikatsiooni-/tuvastusreaktiivid, ekstraheerimismeetod, PCR -masina kvaliteet ja muud instrumendid. Alates 2020. aasta aprillist on COVID-196 diagnostika jaoks saanud enam kui 48 erinevat diagnostikaseadme üheksast riigist hädaolukorra kasutamise loa (EUA). Etioopias kasutatakse SARS-COV-2 PCR-i tuvastamiseks 26 rahvatervise asutuses, sealhulgas ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ja Quant-Studio7, enam kui 14 reaalajas PCR-platvormi. Lisaks on saadaval erinevad PCR-testikomplektid, näiteks Daani geenitest, Abbott SARS-COV-2 test, Sansure Biotech Test ja SARS-COV-2 BGI test. Ehkki RRT-PCR on väga tundlik, teatavad mõned Covid-19-ga patsiendid valenegatiivseid tulemusi viiruse ribonukleiinhappe (RNA) ebapiisavate koopiate tõttu proovides, mis on tingitud ebaõigest kogumisest, transpordist, ladustamisest ja käitlemisest ning laboratoorsest testimisest. personali tingimused ja toimingud8. Lisaks võivad proovi- või kontrollkäitlemise, tsükli läve (CT) seadistamine ja ristreaktiivsus teiste patogeensete nukleiinhapete või inaktiivse/jäägi SARS-COV-2 RNA-ga põhjustada valepositiivseid tulemusi RRT-PCR9 testides. Seega on selge, et PCR -testid saavad tõepoolest tuvastada geenifragmentide kandjaid, kuna need ei suuda isegi eristada tõeliselt aktiivseid viirusgeene, seega saavad testid tuvastada ainult kandjaid, mitte patsiente10. Seetõttu on oluline hinnata diagnostilist jõudlust, kasutades meie seadet standardmeetodeid. Ehkki Etioopia rahvatervise instituudis (EPHI) ja kogu riigis on saadaval palju NAAT -i reagente, pole nende tõhususe võrdlevat hindamist veel teatatud. Seetõttu oli selle uuringu eesmärk hinnata kaubanduslikult saadaolevate komplektide võrdlevat jõudlust SARS-COV-2 tuvastamiseks RRT-PCR abil, kasutades kliinilisi proove.
Sellesse uuringusse kaasati kokku 164 osalejat, kellel oli kahtlustatav Covid-19. Enamik proove oli ravikeskustest (118/164 = 72%), ülejäänud 46 (28%) osalejad olid aga ravimiskeskustest. Osalejate seas, mida keskuses ei ravita, oli 15 (9,1%) kliiniliselt kahtlustatud juhtumeid ja 31 (18,9%) oli kontaktid kinnitatud juhtumitega. Üheksakümmend kolm (56,7%) osalejat olid mehed ja osalejate keskmine (± SD) vanus oli 31,10 (± 11,82) aastat.
Selles uuringus määrati COVID-19 jaoks nelja testi positiivne ja negatiivne määr. Seega olid Abbott SARS-COV-2 testi, Daan Gene 2019-NCOV testi, SARS-COV-2 BGI testi ja Sansure Biotech 2019-NCOV testi positiivsed määrad vastavalt 59,1%, 58,5%, 57,9% ja 55,5%. Positiivse ja negatiivse liitstandardite (CRS) skoorid olid vastavalt 97 (59,1%) ja 67 (40,9%) (tabel 1). Selles uuringus põhines CRS -i määratlus „mis tahes positiivse” reeglil, mille käigus neljast testi tulemusest peeti kaks või enam testi tulemust, mis andsid sama tulemuse, tõeliseks positiivseks või negatiivseks.
Selles uuringus leidsime kõigi analüüside jaoks negatiivse protsendilepingu (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) võrreldes CRS -iga. Sansure'i biotehnoloogia analüüs näitas minimaalset PPA-d 93,8% (95% CI 87,2-97,1) ja Daani Gene 2019-NCOV analüüsi üldine kokkulepe oli 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Seevastu üldine kokkulepe SARS-COV-2 BGI testi ja Sansure Biotech 2019-NCOV testi vahel oli vastavalt 98,8% ja 96,3% (tabel 2).
Coheni kappa CRS-i ja Abbott SARS-COV-2 testide tulemused olid täielikult järjekindlad (K = 1,00). Sarnaselt on Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI ja Sansure Biotech 2019-NCOV tuvastatud Coheni Kappa väärtused ka CRS-iga täielikult kooskõlas (K ≥ 0,925). Selles võrdlevas analüüsis näitas Chi-Square test (McNemari test), et Sansure Biotech 2019-NCOV analüüsi tulemused erinesid CRS-i tulemustest oluliselt (P = 0,031) (tabel 2).
Nagu näidatud joonisel fig.1 Abbott SARS-COV-2 testi (kombineeritud RDRP ja N geeni) madalaima CT väärtuse (<20 CT) protsent oli 87,6% ja Sansure Biotech 2019-NCOV testi geeni CT väärtus ORF1A/B ORF1A/B näitas, et madala CT väärtuse protsent (<20 CT) oli 50,3% ja 36%. 1 Abbott SARS-COV-2 testi (kombineeritud RDRP ja N geeni) madalaima CT väärtuse (<20 CT) protsent oli 87,6% ja Sansure Biotech 2019-NCOV testi geeni CT väärtus ORF1A/B ORF1A/B näitas, et madala CT väärtuse protsent (<20 CT) oli 50,3% ja 36%.Nagu näidatud joonisel fig.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа Abbott Sars-Cov-2 (коминиhing ге геный rdrp и n) ORF1A/B аналEза Sansure Biotech 2019-NCOV показало что процент нт низогогогого значения ct (<20 ct) сося со с с 50,3%, аое ззеuse зive состав 3,2%. 1, Abbott SARS-COV-2 (kombineeritud geen RDRP ja N) madalaima CT väärtuse (<20 CT) analüüsi protsent oli 87,6%ja Sansure Biotech 2019-NCOV ORF1A/B geenianalüüsi CT väärtus näitas, et protsent madala CT väärtus (<20 ct) on 36%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Nagu on näidatud joonisel 1, on ABBOTT SARS-COV-2 testi (RDRP ja N geeni kombinatsioon) madalaim CT väärtuse protsent (<20 CT) 87,6%, Sansure Biotech 2019-NCOV test ORF1A/B geeni CT väärtus näitab madalat CT 值 (<20 CT) 的 protsenti) 360-protsendiline protsenti). Как показано на на раннке 1, анализ Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) иел со со но ноое низое нроцее пре зчечive разере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в и иедовованииtise sansure biotech 2019- анализ ncov поалал нал низий ct. Nagu on näidatud joonisel 1, oli Abbott Sars-Cov-2 testi (RDRP ja N geenide kombineerimine) madalaim protsent CT väärtus (<20 CT) 87,6%-l, samas kui Sansure Biotech 2019 uuringus ORF1A/B geeni CT väärtus-NCOV analüüs näitas madalat CT-d. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а ароцент ыоких значений ct (36–40 ct) составил 3,2%. Väärtuste protsent (<20 CT) oli 50,3%ja kõrge CT väärtuste protsent (36–40 CT) oli 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B test registreeris CT väärtused üle 30. Teisest küljest oli BGI SARS-COV-2 testis ORF1A/B geenil kõrge CT väärtus (> 36 CT) protsent 4% (joonis 1). Teisest küljest oli BGI SARS-COV-2 testis ORF1A/B geenil kõrge CT väärtus (> 36 CT) protsent 4% (joonis 1). С сруой сторороны, в анализе bgi Sars-cov-2 ген Orf1a/b иел ыокоеое значение ct (> 36 ct), процент кро ср с с с с с с с с с с с с с сC öeldes. Teisest küljest oli BGI SARS-COV-2 geeni ORF1A/B analüüsis kõrge CT väärtus (> 36 CT), mille protsent oli 4% (joonis 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。。 Teisest küljest, BGI SARS-COV-2 tuvastamise korral on ORF1A/B geeni protsent kõrge CT väärtusega (> 36 CT) 4% (joonis 1). С друой сторороны, в анализе bgi Sars-cov-2 процент генов orf1a/b с с ыокими значена ° CT (> 36 ct) сососта 4% (). Teisest küljest oli BGI SARS-COV-2 analüüsis ORF1A/B geenide protsent kõrgete CT väärtustega (> 36 CT) 4% (joonis 1).
Selles uuringus võtsime 164 nasofarüngeaalset proovi. Igat tüüpi testide puhul viidi läbi RNA eraldamine ja amplifikatsioon, kasutades vastavate tootjate soovitatud meetodeid ja komplekte.
See uuring näitas, et Abbotti SARS-COV-2 testimisel on sama tuvastus jõudlus kui CRS-il, 100% positiivse, negatiivse ja üldise kooskõlaga. Coheni Kappa leping on 1,00, mis näitab CRS -iga täielikku kokkulepet. USA Washingtoni ülikooli sarnases uuringus leiti, et SARS-COV-2 ABBOTT-testi üldine tundlikkus ja spetsiifilisus oli vastavalt 93% ja 100%, võrreldes CDC laboratoorse määratud testi (LDA). 11. Abbott SARS-COV-2 tuvastussüsteem põhineb N- ja RDRP-geenide samaaegsel kombineeritud tuvastamisel, kuna mõlemad geenid on tundlikumad, minimeerides valenegatiivid12. Austrias Viinis toimunud uuring näitas ka, et suured ekstraheerimisproovi mahud ja avastamismahud minimeerisid lahjendamise mõju ja suurenenud avastamise efektiivsust13. Seega saab Abbotti ideaalset sobivust SARS-COV-2 testi jaoks seostada platvormi tuvastamise süsteemiga, mis tuvastab samaaegselt kombinatoorsed geenid, eraldab suure hulga proove (0,5 ml) ja kasutab suurt kogust eluentit (40 uL).
Meie tulemused näitasid ka, et Daani geneetilise testi tuvastamise jõudlus oli peaaegu sama kui CRS -il. See on kooskõlas uuringuga14, mis viidi läbi Hiinas Huainanis Anhui ülikoolis ja tootja nõudega 100% -lise positiivse kokkuleppega. Vaatamata teadetele järjepidevate tulemuste kohta oli üks valim pärast sama eluaadi uuesti testimist valenegatiivne, kuid oli positiivne Abbott SARS-COV-2 ja Sansure Biotech NCOV-2019 testides. See viitab sellele, et eri tüüpi testide tulemused võivad olla varieeruvad. Sellegipoolest oli China15-s tehtud uuringus Daani geenianalüüsi tulemus oluliselt erinev (p <0,05) võrreldes nende labori määratletud võrdlussanalüüsiga. Sellegipoolest oli China15-s tehtud uuringus Daani geenianalüüsi tulemus oluliselt erinev (p <0,05) võrreldes nende labori määratletud võrdlussanalüüsiga. Тем не менее alga, и иседованиииhjamini, провененном в к китае15, рзтатone аанала daan geen значител 05 (я0) ( лаборатоmüük эталонного анализа. Kuid Hiina15 uuringus oli Daan Gene analüüsi tulemus oluliselt erinev (p <0,05) nende laboratoorsest võrdlusanalüüsist.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в и иедованииhjatise, проведенном в китае15, рттаты генетичесого тта daan значначнонччч лччч п п caan ззнач. сравнению с ео эталонны лабораторны тестом. Kuid Hiinas15 uuringus olid Daani geneetilise testi tulemused oluliselt erinevad (p <0,05) võrreldes selle võrdluslabori testiga.See lahknevus võib olla tingitud võrdluskatse tundlikkusest SARS-COV-2 tuvastamiseks ja põhjuse määramiseks võib olla olulised täiendavad uuringud.
Lisaks hinnati meie uuringus SARS-COV-2 BGI testi võrdlevat tulemuslikkust CRS-iga, näidates suurepärast positiivset protsendilepingut (PPA = 97,9%), negatiivse protsendilepingut (NPA = 100%) ja üldist protsendilepingut soo (OPA) poolt. ). = 98,8%). Coheni kappa väärtused näitasid head kokkulepet (k = 0,975). Madalmaade16 ja China15 uuringud on näidanud järjekindlaid tulemusi. SARS-COV-2 BGI test on üksik geen (ORF1A/B) tuvastamise test, kasutades 10 ui amplifikatsiooni/tuvastamise elukohta. Vaatamata hea statistilise kokkuleppega meie võrdlustulemustega jättis analüüs kahe positiivse proovi (1,22%) koguproovist. Sellel võib olla tohutu kliiniline mõju ülekandedünaamikale nii patsiendi kui ka kogukonna tasandil.
Veel üks selles uuringus sisalduv võrdlev analüüs oli Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) test; Üldine matš protsent oli 96,3%. Kokkuleppe tugevuse määras ka Coheni Kappa väärtus, mis oli 0,925, mis näitas CRS -iga täielikku kokkulepet. Jällegi on meie tulemused identsed uuringutega, mis viidi läbi Hiinas Changsha Kesk -Lõuna ülikoolis ja Liuzhou rahvahaigla kliinilises laboriosakonnas, Liuzhou City, China17. Ehkki ülaltoodud hea statistiline vastavus registreeriti, näitas Chi-ruudu test (MacNemari test), et Sansure'i biotehnoloogia testi tulemusel on CRS-iga võrreldes statistiliselt oluline erinevus (p <0,005). Ehkki ülaltoodud hea statistiline vastavus registreeriti, näitas Chi-ruudu test (MacNemari test), et Sansure'i biotehnoloogia testi tulemusel on CRS-iga võrreldes statistiliselt oluline erinevus (p <0,005). Несотр an, что ыч зафикировано уазанное ыше ххе статисесое сооооотва ха кр кр кр кр крй крй крй крй крй крй крй крй крй крй кай кай као као као као као као као као као као као као кай кай кай кай кай кай кай кай кай кай кай ка каа ср ышоа ” (критерий макнемара)) показал, что ртатат ​​анализа sansure biotehnoloogia иеееkäs 0,005). Ehkki ülaltoodud hea statistiline kokkulepe registreeriti, näitas Chi-ruudu test (McNemari test), et Sansure'i biotehnoloogia testi tulemusel oli CRS-iga statistiliselt oluline erinevus (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （MacNemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， ， 但 （（（MacNemar 检验 ， ， ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 与 与 与 与 相比 相比 显着 显着 （（（（P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））））））））））））. НесотрOя на отмеченное ыше ххе хорошее статистичое ое соооmüük, критерй хи-крз пое пое пое пне пре пнй пнйййййййййййййййййййййййййййййййййййййййййййййmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentlihament )ment terv )ment )ment )mentment )ment )ment )ment )mentment )mentmentmentmentment )mentmentmentmentmentmentmentmentmentmentmentment) stis статистичесичи значимю разницц (p <0,005) меж аеж аналом Sansure Biotech и CRS. Vaatamata eespool märgitud heale statistilisele kokkuleppele näitas Chi-ruudu test (McNemari test) statistiliselt olulist erinevust (p <0,005) sansure biotehnoloogia testi ja CR-ide vahel.Kuus proovi (3,66%) leiti olevat valenegatiivid võrreldes CRS -iga (täiendav tabel 1); See on väga oluline, eriti arvestades viiruse leviku dünaamikat. Ülaltoodud andmed toetavad ka seda madalat avastamiskiirust15.
Selles uuringus määrati iga testi ja vastava platvormi jaoks CT väärtused, madalaim keskmine CT väärtus on esitatud Abbott SARS-COV-2 testis. See tulemus võib olla seotud Abbotti samaaegse kombineeritud geneetilise testimissüsteemiga SARS-COV-2 tuvastamiseks. Seetõttu oli joonise 1 kohaselt 87,6% Abbott SARS-COV-2 tulemustest CT väärtused alla 20-aastased. Vahemikus oli ainult väike arv proovi tulemusi (12,4%). CT väärtusi üle 30 ei registreeritud. Lisaks Abbotti kasutamisele SARS-COV-2 paneeli geneetilise testimise vormingule võib see tulemus olla seotud madalama tuvastamispiiranguga (32,5 RNA koopiat/ml) 18, mis on kolm korda madalam kui ettevõtte alumine piir 100 RNA koopiat/ml. ml) 19.
Sellel uuringul on mõned piirangud: esiteks pole meil ressursside puudumise tõttu standard-/võrdlusmeetodeid [näiteks viirusekoormus või muud laboratoorsed testid (LDA)]. Teiseks olid kõik selles uuringus kasutatud isendid nasofarüngeaalsed tampoonid, samas kui tulemused ei olnud rakendatavad teiste isenditüüpide suhtes ja kolmandaks, meie valimi suurus oli väike.
Selles uuringus võrreldi SARS-COV-2 nelja RRT-PCR-testi jõudlust ninofarüngeaalsete proovide abil. Kõigil tuvastamistestidel oli peaaegu võrreldav jõudlus, välja arvatud Sansure'i biotehnoloogia test. Lisaks tuvastati madal positiivsuse määr Sansure biotehnoloogia testis võrreldes CRS -iga (p <0,05). Lisaks tuvastati madal positiivsuse määr Sansure biotehnoloogia testis võrreldes CRS -iga (p <0,05). Кроме того, в ттесте sansure biotech ы ы ыен низий процент пожожителных рных ртт min по п о ср срнию ​​с crs (P <0,05). Lisaks näitas Sansure'i biotehnoloogia test positiivsete tulemuste madalat protsenti võrreldes CRS -iga (p <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме того, анализ sansure biotehnoloogia имел более alga низий уровень положителных рзыхыхттат п о ср срнию ​​с с crs (p <0,05). Lisaks oli Sansure'i biotehnoloogia testimisel võrreldes CRS -iga madalam positiivsuse määr (p <0,05).PPA, NPA ja üldine kokkuleppe analüüs Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) ületas 93,5%, kui Cohen Kappa tugevus kokkuleppe väärtus 0,925. Lõpuks vajab Sansure'i biotehnoloogia test (RUO) Etioopias kasutamiseks täiendavat valideerimist ning üksikute tootjate väidete hindamiseks tuleks kaaluda täiendavaid uuringuid.
Võrdlev uuringute ülesehitus viidi läbi Addis Ababa, Eka Kotebe haigla, Millenniumi kiriku ravikeskuse, Zewooditu mälestushaigla ja Püha Peetri tuberkuloosi spetsialistide haigla neljas tervishoiuasutuses. Andmed koguti ajavahemikus 1. - 31. detsember 2020. Selle uuringu meditsiiniasutused valiti sihikindlalt nende suure juhtumite arvu ja peamiste ravikeskuste kättesaadavuse põhjal. Sarnaselt valiti NAAT-i reagentide tootjate soovituste kohaselt instrumendid, sealhulgas ABI 7500 ja Abbott M2000 reaalajas PCR-instrumendid, ja selle uuringu jaoks valiti neli PCR-tuvastuskomplekti, kuna enamik Etioopia laboreid kasutas vähemalt nelja neist. Geenitest, Abbott SARS-COV-2 test, Sansure Biotech Test ja SARS-COV-2 BGI test viidi läbi uuringu käigus).
SARS-COV-2 testimine viidi läbi 1.-30. detsembril 2020, kasutades 3 ml viirusranspordi söödet (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Hiina), mis pärineb EPHI-le suunatud hubase-19-le uuritavatele isikutele. Nasofarüngeaalsed proovid koguti väljaõppinud proovikogujad ja saatsid EPHI -le kolmekordse pakki. Enne nukleiinhappe eraldamist määratakse igale proovile ainulaadne identifitseerimisnumber. Igast proovist tehakse kaevandamine kohe pärast käsitsi ja automaatseid ekstraheerimismeetodeid. Seega ekstraheeriti igast proovist ABBOTT M2000 automaatseks ekstraheerimiseks 1,3 ml (sealhulgas 0,8 ml surnud maht ja 0,5 ml ekstraheerimise maht) ja viidi läbi Abbott DNA proovi ettevalmistamise süsteemi (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Partii 96 [92 proovi, kaks tuvastuskontrolli ja kaks mitte-magistrikraadi (NTC)] lisati SARS-COV-2 (EUA) kahe vooru üldisesse protsessi (otsimine ja tuvastamine) reaalajas. kaevandamine. Sarnaselt kasutage käsitsi ekstraheerimiseks samu proove (automaatseks kaevandamiseks ja avastamiseks). Seega oli kogu protsessi vältel 140 ui proovi aliquoteeriti ja ekstraheeriti, kasutades QIAAMP viiruse RNA mini komplekti (Qiagen GmbH, Hilden, Saksamaa) 24 (sealhulgas 20 proovi, kaks analüüsi kontrolli ja kaks NTC -d) üheksa ringiga. Käsitsi ekstraheeritud eluate amplifitseeriti ja tuvastati ABI 7500 termotsükli abil, kasutades SARS-COV-2 BGI testi, Daani geeni testi ja Sansure'i biotehnoloogia testi.
SARS-COV-2 viiruse RNA automatiseeritud eraldamine ja puhastamine järgib magnetilise helmeste põhimõtet, kasutades Abbott DNA proovi ettevalmistamise reagente. Proovide inaktiveerimine ja viiruseosakeste lahustamine viiakse läbi guanidiini isotiotsüanaati sisaldava detergendi abil, et denaliseerida valku ja inaktiveerida RNaasi. Seejärel eraldatakse RNA valgust tahke faasi eraldamise teel ränidioksiidi abil, st guanidiiniumisoola ja lüüsipuhvri aluseline pH soodustavad nukleiinhapete seondumist ränidioksiidiga (SiO2). Loputamise etapp eemaldab järelejäänud valgud ja prahi, et saada selge lahendus. Läbipaistev RNA eraldatakse ränidioksiidipõhistest mikroosakestest, kasutades instrumendi magnetvälja20,21. Teisest küljest viiakse RNA käsitsi eraldamine ja puhastamine läbi spinni kolonni meetodil, kasutades tsentrifuugimist magnetilise aluse ja mikroosakeste eraldamise asemel eluest.
Abbott reaalajas SARS-COV-2 tuvastamise test (Abbott Molecular, Inc.) viidi läbi vastavalt tootja juhistele, mis said WHO ja FDA-lt EUA19,22. Selles protokollis viidi proovi inaktiveerimine enne ekstraheerimist veevannis temperatuuril 56 ° C 30 minutit. Pärast viiruse inaktiveerimist viidi nukleiinhapete ekstraheerimine Abbott M2000 SP -instrumendil 0,5 ml VTM -ist, kasutades Abbott M2000 DNA proovide ettevalmistamise süsteemi. tootja sõnul. Amplifikatsioon ja tuvastamine viidi läbi Abbott M2000 RT-PCR instrumendi abil ning RDRP ja N geenide jaoks viidi läbi kahekordne tuvastamine. ROX) ja VIC P (patenteeritud värvaine) sisekontrolli sihtimiseks ja tuvastamiseks, võimaldades mõlema amplifikatsioonitoote samaaegset tuvastamist 19.
Selle komplekti amplifikatsiooni tuvastamise meetod põhineb üheastmelisel RT-PCR-tehnoloogial. ORF1A/B ja N geenid valiti DAAN -i geenitehnoloogia abil konserveerunud piirkondadeks, et tuvastada sihtpiirkonna võimendus. Spetsiifilised praimerid ja fluorestsentsondid (N-geeni sondid, mis on märgistatud FAM-iga, ORF1A/B-sondid, mis on märgistatud VIC-ga) on loodud SARS-COV-2 RNA tuvastamiseks proovides. Lõplik eluent ja põhisegu valmistati, lisades 5 ui eluent 20 ui peasegule lõppmahule 25 ui. Amplifikatsioon ja tuvastamine viidi läbi samaaegselt ABI 750024 reaalajas PCR-instrumendil.
ORF1A/B ja N geenid tuvastati Sansure Biotech NCOV-2019 nukleiinhappe diagnostikakomplekti abil (fluorestsents PCR tuvastamine). Valmistage iga sihtgeeni jaoks konkreetsed sondid, valides FAM -kanali ORF1A/B piirkonna ja N -geeni ROX -kanali jaoks. Sellesse testimiskomplekti lisatakse järgmiselt eluent ja põhisegu reaktiivid: valmistage tuvastamiseks/amplifikatsiooniks 30 ui põhisegu reagenti ja 20 ui elustatud proov. Amplifikatsiooni/tuvastamiseks kasutati reaalajas PCR ABI 750025.
SARS-COV-2 BGI test on fluorestsents reaalajas RRT-PCR komplekt Covid-19 diagnoosimiseks. Sihtpiirkond asub SARS-COV-2 genoomi ORF1A/B piirkonnas, mis on ühe geeni tuvastamise meetod. Lisaks on inimese majapidamisgeen β-aktiin sisemiselt reguleeritud sihtgeen. Peasegu valmistatakse, segades 20 ui peasegu reagenti ja 10 ui ekstraheeritud RNA proovi kaevuplaadil26. Amplifikatsiooni ja tuvastamiseks kasutati ABI 7500 fluorestsents kvantitatiivset reaalajas PCR-instrumenti. Kõik nukleiinhapete võimendused, PCR -i töötingimused iga testi jaoks ja tulemuste tõlgendamine viidi läbi vastavalt vastava tootja juhistele (tabel 3).
Selles võrdlevas analüüsis ei kasutanud me võrdlusstandardi meetodit protsendimäära (positiivne, negatiivne ja üldine) ja muude nelja analüüsi võrdlusparameetrite määramiseks. Iga testi võrdlus tehti CRS -iga, selles uuringus määrati CRS reegliga “mis tahes positiivne” ja tulemus määrati, mitte ühe testiga, kasutasime vähemalt kahte sobitatud testi tulemust. Lisaks on Covid-19 ülekande korral valenegatiivsed tulemused ohtlikumad kui valepositiivsed tulemused. Seetõttu peab CRS -i tulemusest võimalikult täpselt positiivne öeldes olema positiivne, mis tähendab, et vähemalt üks positiivne tulemus pärineb tõenäoliselt EUA testist. Seega peetakse neljast testi tulemusest kahte või enam testi tulemust, mis annavad sama tulemuse, tõeliseks positiivseks või negatiivseks 18,27.
Andmed koguti, kasutades struktureeritud andmete ekstraheerimise vorme, andmete sisestamist ja analüüsi, kasutades kirjeldava statistika jaoks Exceli statistilist tarkvara ja SPSS versiooni 23.0. Analüüsiti positiivset, negatiivset ja üldist protsenti ning iga meetodi kokkuleppe määra kindlaksmääramiseks CRS -iga kasutati Kappa skoori. Kappa väärtusi tõlgendatakse järgmiselt: kerge kokkuleppe korral 0,01 kuni 0,20, üldise kokkuleppe korral 0,21 kuni 0,40, 0,41–0,60 mõõduka kokkuleppe korral, 0,61–0,80 suure kokkuleppe korral ja 0,81–0,99.
Eetiline kliirens saadi Addis Abeba ülikoolist ja kõik selle uuringu eksperimentaalsed protokollid kiitis heaks Etioopia rahvatervise instituudi teadusliku eetikaülevaate nõukogu. Ephi-eetika litsentsi võrdlusnumber on EPHI/IRB-279-2020. Kõiki meetodeid rakendati vastavalt Etioopia riiklike terviklike suuniste soovitustele ja sätetele jahutuse-19 kohtlemiseks. Lisaks saadi enne uuringus osalemist kõigilt uuringus osalejatelt kirjalik teadlik nõusolek.
Kõik selles uuringus saadud või analüüsitud andmed on lisatud sellesse avaldatud artiklisse. Selle uuringu tulemusi toetavad andmed on mõistliku taotluse korral saadaval vastava autorilt.
Maailma Terviseorganisatsioon. Soovitatavad laboratoorsed testimisstrateegiad Covid-19 jaoks: vahepealsed juhendajad, 21. märts 2020 nr WHO/2019-NCOV/LAB_Testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Nutikas diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: praktikas kõik-in-in. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Nutikas diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: praktikas kõik-in-in.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ja Gurgulianis, Ki COVID-19 intelligentne diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: kõik praktikas.Muliou DS, Pantazopoulos I. ja Gurgulyanis ki intelligentne diagnoosimine COVID-19 erakorralise meditsiini osakondades: otsast lõpuni integreerimine praktikas. Ekspert austab regiooni. ravim. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Hinnang Covid19 ID nüüd EUA test. Mitchell, SL & St George, K. Hinnang Covid19 ID nüüd EUA test.Mitchell, SL ja St. George, K. Covid19 ID hindamine nüüd EUA testi.Mitchell SL ja St. George K. Covid19 ID hindamine nüüd EUA testi. J. Kliiniline. Viirus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Koronaviiruse haiguse 2019 (COVID-19) laboratoorne tuvastamine inimese kahtlustatava haiguse korral. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (juurdepääs 15. augustil 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. jt. COVID-19 diagnoos: haigused ja testimisvahendid. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. jt. Ida-, Kesk- ja Lõuna -Aafrika patoloogide kolledži asutamine - Lähis -Ida ja Lõuna -Aafrika piirkondlik patoloogiakool. Aafrika. J. Lab. ravim. 9 (1), 1-8 (2020).
Etioopia rahvatervise instituut, föderaalne tervishoiuministeerium. Riiklik riiklik strateegia ja juhised COVID-19 laboratoorseks diagnoosimiseks. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (juurdepääs 12. augustil 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kui SARS-COV-2 nakkuse väljakutsete ja mõjude valenegatiivseid teste. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kui SARS-COV-2 nakkuse väljakutsete ja mõjude valenegatiivseid teste.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim kui SARS-COV-2 infektsioonide ja nende tagajärgede valenegatiivsed testid.Voloshin S., Patel N. ja Kesselheim kui valenegatiivsed testid provokatsiooniks ja SARS-COV-2 nakkuse mõjuks. N. Eng. J. Meditsiin. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI valepositiivsed ja vale-negatiivsed Covid-19 juhtumid: hingamisteede ennetamise ja juhtimise strateegiad, vaktsineerimine ja edasised vaatenurgad. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI valepositiivsed ja vale-negatiivsed Covid-19 juhtumid: hingamisteede ennetamise ja juhtimise strateegiad, vaktsineerimine ja edasised vaatenurgad. Mouliou, ds & guourgoulianis, ki ложнопопопожителные иые иожнооо'ijõudоателive сные счаи Covid-19 вацинация и иалнейшие персектиы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Covid-19 valepositiivsed ja valenegatiivsed juhtumid: hingamisteede ennetamise ja ravistrateegiad, vaktsineerimine ja edasiminek.Muliu, DS ja Gurgulianis, Ki valepositiivsed ja vale-negatiivsed juhtumid Covid-19: hingamisteede ennetamise ja ravi strateegiad, vaktsineerimine ja edasiminek. Ekspert austab regiooni. ravim. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: puu nägemine, kuid metsa kaotamine. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: puu nägemine, kuid metsa kaotamine.Mouliou, DS, Ioannis, P. ja Konstantinos, G. Covid-19 diagnoos erakorralise meditsiini osakonnas: vaata puu, kaota metsa.Muliou DS, Ioannis P. ja Konstantinos G. Covid-19 diagnoosimine traumapunktides: puude jaoks pole piisavalt metsa. Ilmuvad. ravim. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. ABBOTT Realime SARS-COV-2 testi analüütilise ja kliinilise jõudluse valideerimine ja valideerimine. J. Kliiniline. Viirus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Võrdlus viis praimerikomplekti hubase-19 erinevast genoomi piirkonnast viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Viie praimerikomplekti võrdlus Covid-19 erinevatest genoomipiirkondadest viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ja Aflatunyan, B. Viie praimerite komplekti võrdlus Covid-19 genoomi erinevatest piirkondadest viiruse nakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Viies erineva geneetilise piirkonna võrdlus hubase-19-ga viirusnakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ja Aflatunyan B. Viie praimerite komplekti võrdlus asus-19 genoomi erinevatest piirkondadest viirusliku nakkuse tuvastamiseks tavapärase RT-PCR abil.Iraan. J. Mikrobioloogia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-COV-2 genoomijärjestuste avastamise riikliku välise kvaliteedi hindamise programmi esialgsed tulemused. J. Kliiniline. Viirus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. jt. Viie RT-PCR komplekti efektiivsuse analüütiline hindamine raske ägeda hingamisteede sündroomi koronaviiruse 2. J. J. Kliiniline. labor. päraku. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. jt. Seitsme kaubanduslikult saadava SARS-COV-2 RNA tuvastamise komplekti hindamine Hiinas reaalajas polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) põhjal. kliiniline. Keemiline. labor. ravim. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB jt. Seitsme kaubandusliku RT-PCR Covid-19 diagnostikakomplekti võrdlus. J. Kliiniline. Viirus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Kahe PCR-komplekti diagnostilise jõudluse võrdlus SARS-COV-2 nukleiinhapete tuvastamiseks. J. Kliiniline. labor. päraku. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR jne. Nelja SARS-COV-2 nukleiinhapete amplifikatsiooni testimise platvormi võrdlev uuring näitas, et ID jõudlus oli nüüd sõltuvalt patsiendi ja proovi tüübist märkimisväärselt lagunenud. Diagnoosimine. Mikrobioloogia. Nakatus. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekul. Abbott reaalajas SARS-COV-2 analüüsi paketi sisestus. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infective-diseas/realtime-ser-sars-cov-2-assay. 1-12. (10. augustist 2020) (2020).
Klein, S. jt. SARS-COV-2 RNA isolatsioon, kasutades magnetilisi helmeid, et kiiret avastamist RT-qPCR ja RT-lampi abil. Viirus 12 (8), 863 (2020).